长江是中国第一长河，具有丰富的水生生物资源，是世界著名的生物多样性热点地区，保护和研究价值极高。长江中游是青鱼（Mylopharyngodon piceus）、草鱼（Ctenopharyngodon idellus）、鲢 （Hypophthalmichthys molitrix）、鳙（Aristichthys nobilis）等经济鱼类和中华鲟（Acipenser sinensis）等珍稀濒危动物的主要繁殖和栖息地之一。但自 20 世纪 80 年代以来，长江水生生物资源量持续降低，在长江“十年禁渔”的背景下，如何整合新的方法和技术监测长江中游鱼类多样性，评估禁渔效果，提出合适的保护方案是当前长江中游鱼类保护亟待解决的关键问题。本研究构建了长江中游鱼类eDNA宏条形码参考数据库，优化eDNA监测数据分析中技术参数的设置，检验鱼类eDNA监测的时空特征，并基于环境DNA技术对长江中游干流的鱼类空间分布进行研究，探讨eDNA宏条形码技术在监测鱼类多样性方面的有效度，并为鱼类多样性调查方法提供有效的辅助方法。